【SPM21-008】オンボードVGA(ASPEED)を、BIOSの設定変更や、M/Bのジャンパー設定変更により、無効化する(OS上から見えないようにする)ことは出来ますか？

無効化する事はできません。BIOSの VGA Priority という設定で、On-board(ASPEED)と Off-board（PCI Express バスに搭載しているボード）のディスプレイ出力の優先順位を変更することはできます。